Tanto para los servicios de carga, como para los viajeros, en el Muelle Municipal Caraguay se mantienen los controles de bioseguridad establecidos por la alcaldesa Cynthia Viteri. De momento, los únicos viajes que se realizan son, desde y hacia, la parroquia Puná y sus recintos ubicados en el Golfo de Guayaquil.
De acuerdo a las disposiciones, todos los pasajeros reciben gel desinfectante en sus manos y se les toma la temperatura al momento de arribar, y antes de embarcarse a las lanchas, pasan por las alfombras de desinfección. El control se ejecuta con la intención de evitar los contagios de COVID-19.
La Jefatura de Muelles y Muros registra además que las lanchas reciben una completa desinfección después de cada desembarque. Asimismo, los armadores vigilan que los viajeros tengan bien colocada la mascarilla, lo que es una obligatoriedad establecida en ordenanza municipal, la misma que fija sanciones monetarias para quienes la infringen.