El Sistema Comando de Incidentes (SCI) es un modelo de gestión desarrollo para comando, control y coordinación de la respuesta a una situación ​de emergencia y su objetivo es estabilizar un incident​​e para evitar mayores impactos y así proteger la vida de las personas las propiedades y el ambiente.

​​Guayaquil asume como un mecanismos de trabajo el SCI a través de la ordenanza publicada en la Gaceta Oficial No 3 del 6 de enero de 2011.​

Actualmente incorpora 17 protocolos: 2 protocolos de sectorización e implementación del SCI, 12 protocolos que instauran las normas de acción en varios tipos de eventos que pueden ocurrir en el territorio de su competencia, y 3 más que regulan el análisis de información y comunicación así como la evaluación de daños y análisis de necesidades.​​

Los protocolos permiten aprovechar de la mejor manera los limitados recursos materiales y humanos que son disponibles en caso de emergencia o desastre.​

Estos protocolos son de uso obligatorio para la ciudad de Guayaquil.

​Cualquier institución que requiera participar de las acciones de respuesta en caso de emergencia o desastre deberá usar esos protocolos como un esquema único para la coo​rdinación con el COE y con otras instituciones.